Listinou z 11. 9. 910 založil vojvoda Viliam I. Akvitánsky v málo osídlenej a nie príliš úrodnej časti Burgundska benediktínsky kláštor a daroval mu rozsiahle územie, ktoré úplne vyňal zo svojej a akejkoľvek svetskej právomoci. Ustanovil prvého opáta Berna († 926), ale dal mníchom právo slobodnej voľby ďalších opátov. Cluny sa tak stalo autonómnym a bolo podriadené iba pápežovi. Materský kláštor dostal právo zakladať dcérske kláštory. Na prelome tisícročia tvorilo clunyjskú kongregáciu už 37 reformných kláštorov. Začiatkom 12.storočia patrilo ku clunyjskému hnutiu cez 1200 kláštorov s 20 tisícmi mníchmi po celej západnej Európe.
Clunyjská reforma spočívala v:
Najmä v čase oslabenia pápežstva okolo roku 1000 mali opáti z Cluny veľkú autoritu, boli radcami panovníkov a ich vplyv zasahoval do celej vtedajšej kresťanskej Európy. Niektorí z nich dokonca odmietali ponuky, aby sa stali pápežmi. Naopak o príklad clunyjského hnutia sa opierala radikálna reforma západnej cirkvi, ako ju zahájil pápež Gregor VII. v druhej polovici 11. storočia. Spočívala v snahe vymaniť cirkev z moci a vplyvu svetských veľmožov a urobiť ju samostatným celkom. Táto snaha vyústila v tzv. boj o investitúru.
V polovici 12. storočia začal význam Cluny upadať jednak preto, že sa uvoľnila kláštorná disciplína, jednak mu začalo konkurovať cisterciánske hnutie Bernarda z Clairvaux, založené na myšlienke návratu k prvotným ideálom mníšskeho života v chudobe a odriekaní. V 15. storočí sa síce Cluny ešte raz pozdvihlo vďaka priazni francúzskych kráľov a pápežov, potom však stratilo význam. V polovici 18. storočia bol kláštor prestavaný v barokovom slohu, za Francúzskej revolúcie bol však zrušený a roku 1798 bol kostol ako zbytočný predaný súkromníkom, ktorí ho použili ako kameňolom na stavbu vojenského žrebčína. V kláštore vznikla škola. Až po roku 1830 začína záujem o zvyšky stavby a jej históriu.
Od 10. storočia sa kláštor stal významným centrom vinárstva. Vďaka darom zbožných laikov i vojvodov vlastnil čoskoro veľké množstvo tých najlepších viníc, ktoré v mnohých prípadoch zostali najlepšími dodnes.
Z prvého, zrejme dreveného kostola z 10. storočia sa nezachovali žiadne stopy.
Kostol Cluny II. (opát Maiolus, 981), románska bazilika s plochým dreveným stropom, bol vzorom napr. pre kláštorný kostol v Hirsau v Nemecku.
Roku 1089 začal opát Hugo stavbu nového kostola Cluny III. podľa plánov architekta Hézelona z Liege; chór bol posvätený roku 1095, celý kostol roku 1130 za opáta Petra Ctihodného.
Päťloďová bazilika s dvojitou priečnou loďou a so šiestimi vežami, s dĺžkou 187 m a s výškou klenby cez 30 m (kopula v krížení 40 m) bola až do prestavby Baziliky sv. Petra v Ríme v 16. storočí najväčším kresťanským kostolom. Stala sa tiež často napodobňovaným vzorom, v zmenšenom meradle napr.blízkom Paray le Monial, ale aj pôdorys parížskeho chrámu Notre Dame je z nej odvodený. Okrem rozmerov stavba priniesla aj ďalšie novinky. Bol to zrejme prvý stredoveký kostol, ktorý sa staval podľa vopred navrhnutého plánu. Klenby sú lomené a kostol mal zvonku oporné piliere, ktoré sa potom stali pravidlom v gotike.
Z kostola sa zachovala len južná časť priečnej lode s vežou, gotická kaplnka Jána Bourbonského z 15. storočia so zvyškami plastík a torza dvoch vstupných veží. Zvyšky plastík sú zhromaždené v lapidáriu v kláštornej sýpke.
Zo stredovekého kláštora, postaveného v rokoch 1120 až 1122, nezostalo nič, barokový kláštor má štvorcový dvor a dve krídla, vybiehajúce do parku. V parku sa zachovala veľká dvojposchodová sýpka (Farinier) z roku 1275 so zachovaným pôvodným stropom, vlastne drevenou klenbou, a mlynská veža (Tour du moulin). Dnešný park obopína stredoveká hradba s niekoľkými vežami, ktorá pokračuje mestskou hradbou. V podzemí sa zachoval vodný kanál, ktorý slúžil na dopravu obilia a na pohon mlyna.
