Kláštor  Sept-Fons bol založený v roku 1132 z materského kláštora Fontenay pôvodne ako cisterciánska fundácia Guichardom a Viliamom z Bourbonu. Mníšska komunita zostávala malá; až do reformy v roku 1663 počet mníchov neprekročil 15. Od polovice 15. storočia kláštor silne trpel neustálymi vojnovými konfliktami. Mnísi boli opakovane nútení odísť, budovy boli vyplienené a zborené.

V roku 1656 sa opátom stal vtedy dvadsaťročný Eustach z Beaufortu. Rozhodol sa pripojiť kláštor k reformovanej vetve cisterciánskeho rádu, teda k trapistom. Do kláštora sa potom hlásilo množstvo nových záujemcov. Noviciát boli poslaní vykonať do opátstva La Trappe. Keď Eustach zomrel, v opátstve Sept-Fons bolo 130 mníchov a novicov. Dnešná podoba opátstva vznikla za pomoci kráľa jeho prestavbou pred Veľkou francúzskou revolúciou, teda krátko pred rokom 1789.  Darilo sa mu až do roku 1791, kedy bolo jeho fungovanie v revolučných rokoch potlačené.

V roku 1845 kúpil zničený kláštor Dom Stanislaus, opát trapistov z kláštora Gard, odkiaľ vtedy museli odísť. Prestaval kostol a obnovil fungovanie kláštora. Materským kláštorom Sept Fons je dnes kláštor Citeaux, a to kvôli zániku rehoľného života vo Fontenay a Clairvaux.

Opátstvo s 100 mníchmi, väčšinou mladými, je dnes jedným z najväčších vo Francúzsku. Mnísi získavajú príjem z farmy s normandskými kravami a výrobou produktov zdravej výživy a džemov.

Spomedzi mnohých dcérskych domov mnísi  v roku 2002 založili kláštor Nový Dvůr v západných Čechách. Táto komunita dnes zahŕňa okolo 20 mníchov, ktorí sú jediným mužským kontemplatívnym rádom v Čechách.

„Sept-Fons“, odvodené buď zo siedmich fontán alebo zo siedmich kanálov vedúcich vodu do opátstva.